大蛇丸在火影忍者初期是个终极反派，很多事情都是他一手策划的。但最终还是失败了，那么最后大蛇丸怎么死的呢?当然，其实也不算完全的死去，因为在死后，大蛇丸又被复活了。并且此后一直活着，所以当时，大蛇丸又是因何而死呢?

在动画第358话中，详细的道出了大蛇丸是怎么死的。在此之前大蛇丸成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。三年后，木叶村的“新第七班”队长大和从‘晓’的蝎处得到消息，知道其派往大蛇丸的卧底将于天地桥处跟其会面，并欲籍此找到关于佐助的线索。

鸣人一众按照指示到达天地桥，却遇上了大蛇丸。大蛇丸跟因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗，及后却因身躯已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。大和班众人没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，找出并成功劝告佐井归队。之后他们分成两队，以求加快寻找出佐助的位置。那么之后，大蛇丸怎么死的呢?我们继续往下看。

途中佐井及鸣人一队却碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鸣人再度交手，而鸣人却让佐井先往寻找佐助。后小樱及大和前来支援，大蛇丸不欲战斗而遁去无踪。不久，鸣人、小樱跟佐助再度会面，但佐助却不领旧情，欲把他们全部杀掉。这时大蛇丸突然出现，出奇地阻止佐助杀死鸣人他们，因为大蛇丸认为他们还有利用价值，可替他多杀掉几个‘晓’的成员。但后来大蛇丸怎么死的，则是因为佐助。

佐助会意而放弃杀害鸣人们的念头，和大蛇丸一起随风而消逝。不尸转生的三年期限结束后，连兜的药也救不了他，大蛇丸认为是时候利用佐助的躯体进行灵界转生。另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，大蛇丸的存在对其来说没有利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。大蛇丸也不甘示弱，现出真身白鳞大蛇，并准备进行灵界转生。

然而，他却讽刺地在自己进行转生的结界内，被佐助吸收及夺去一切力量，留下一副大蛇躯壳。结果因自身极其虚弱，不敌佐助的写轮眼而被佐助吸收，灵魂与力量被完全压制，虽生犹死。之后，佐助与自己的哥哥鼬战斗时，由于查克拉耗尽而释放出大蛇丸，他重见天日后本欲与鼬一较高下，结果被自己苦心寻找的十拳剑封印，保命用的小白蛇也被鼬的天照烧死。

第四次忍界大战期间，佐助、重吾、水月将大蛇丸从御手洗红豆的咒印中复活，大蛇丸并自兜身上取回了自己的查克拉以及兜在这期间所掌握的情报，与佐助、水月和重吾一同去寻找“知道一切真相的人”。之后大蛇丸在宇智波一族的南贺神社利用之前留下卷轴的内容将被尸鬼封尽封印的自己双手及前四代火影的灵魂放出，并利用附身在佐助身上的监视用白绝施展秽土转生，召唤了前四代火影。

自己则以白蛇形态逃离因施术而濒死的躯体，夺取了具有初代细胞的白绝身体，并且恢复了双臂。大蛇丸在兜的体内的这段时间想通了，连一直学习自己生存方式，处心积虑计划一切的兜都失败了，故选择帮助佐助，想要见证一个不同于自己的人生。

大战结束后，由于大蛇丸已醒悟，并且曾在第四次忍界大战中带领鹰小队剩余成员立过功，所以不用再被列入叛忍名单中，并且被允许在不涉及他人生命安全的情况下继续做实验，但仍需要被历代火影派人暗中监视。